aact-bulk-trials

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# AACT Bulk Trials · 批量临床试验数据仓库

## 1. 职责边界

**只做**：基于 AACT PostgreSQL 数据库的批量、历史、聚合性临床试验数据分析。
**不做**：
- 实时单条 NCT 查询（→ 使用 `clinical-trials-v2` skill）
- 文献检索（→ 使用 `pubmed-search` / `europepmc-search`）
- 临床数据撰写报告（→ 使用 `clinical-reports`）

**典型用例**：
- "分析血液科所有 IFI（侵袭性真菌感染）相关历史试验的设计趋势"
- "找出过去 10 年 AML 领域全部 III 期试验的赞助商分布"
- "匹配某个 NCT 的设计相似试验（同 condition + intervention + phase）"
- "按国家维度聚合 CAR-T 试验的 status 分布"

---

## 2. 与 clinical-trials-v2 的差异

| 维度 | clinical-trials-v2 | aact-bulk-trials（本 skill） |
|------|-------------------|----------------------------|
| 数据源 | ClinicalTrials.gov v2 REST API | AACT PostgreSQL 镜像（每日同步） |
| 单次容量 | ≤ 1000 条 | 单 SQL 可处理百万级 |
| 网络 | 强依赖 | 本地模式离线可用 |
| 延迟 | 低（实时） | T+1（每日 dump） |
| 适用场景 | 单试验细节、最新状态 | 批量聚合、历史趋势、跨表 JOIN |

---

## 3. 两种连接方式

skill 启动时自动检测优先级：**本地 dump (B) → 云端 (A) → 报错指引**。

### 方式 A · 云端公共 PostgreSQL（推荐零部署）

- Host: `aact-db.ctti-clinicaltrials.org`
- Port: `5432`
- Database: `aact`
- 注册免费账号: https://aact.ctti-clinicaltrials.org/users/sign_up
- 适合：偶发查询、无本地 PostgreSQL、可接受网络延迟

### 方式 B · 本地 dump 还原（高性能 · 离线分析）

- 下载每日 dump（约 2.27 GB pg_dump custom format）：https://aact.ctti-clinicaltrials.org/downloads
- 要求：本地 PostgreSQL 16+
- 还原命令：
  ```bash
  createdb aact
  pg_restore -d aact -j 4 --no-owner --no-privileges /path/to/postgres_data.dmp
  ```
- 适合：批量挖掘、跨年度聚合、设计相似性匹配、整库扫描

### 配置文件 `~/.config/aact.local.yaml`

```yaml
# 优先模式：local 或 cloud；auto 表示自动检测（默认）
mode: auto

local:
  host: localhost
  port: 5432
  database: aact
  user: postgres
  password: ${AACT_LOCAL_PASSWORD}  # 从环境变量读取

cloud:
  host: aact-db.ctti-clinicaltrials.org
  port: 5432
  database: aact
  user: ${AACT_CLOUD_USER}
  password: ${AACT_CLOUD_PASSWORD}

defaults:
  query_limit: 1000          # 防爆默认 LIMIT
  cursor_threshold: 50000    # 超过该行数自动切 server-side cursor
  statement_timeout: 120000  # 毫秒
```

**密钥管理铁律**：永远不要把 password 明文写进 yaml；用 `${VAR}` 占位符 + 环境变量。

---

## 4. AACT Schema 关系图（精简版）

```
                        ┌──────────────┐
                        │   studies    │  主表 nct_id 主键
                        │  (~500K 行)   │
                        └──────┬───────┘
                               │ nct_id (1-N)
        ┌─────────────┬────────┼────────┬──────────────┬───────────────┐
        │             │        │        │              │               │
   ┌────▼─────┐ ┌─────▼────┐ ┌─▼──────┐ ┌─▼───────┐ ┌──▼──────┐ ┌──────▼──────┐
   │conditions│ │interv-   │ │outcomes│ │sponsors │ │facilities│ │eligibilities│
   │(MeSH)    │ │entions   │ │        │ │         │ │(国家/址) │ │(入排标准)   │
   └──────────┘ └──────────┘ └────┬───┘ └─────────┘ └─────────┘ └─────────────┘
                                  │
                            ┌─────▼──────────┐
                            │outcome_analyses│  统计学结果
                            └────────────────┘

  Results-only 子树（仅有结果上传的试验）：
  studies → result_groups → results_baseline / outcome_measurements
```

**关键表**：
- `studies` — 总览（phase, study_type, overall_status, start_date, completion_date, enrollment）
- `conditions` — MeSH 适应症（downcase_name 用于不区分大小写匹配）
- `interventions` — 干预（intervention_type: Drug/Biological/Device/Procedure）
- `outcomes` — 结局指标定义
- `outcome_analyses` — 统计分析（p_value, ci_lower_limit, method）
- `sponsors` — 赞助商（lead_or_collaborator, agency_class: NIH/INDUSTRY/OTHER）
- `eligibilities` — 入排（gender, minimum_age, maximum_age, criteria 全文）
- `facilities` — 站点（country, city, status）
- `result_groups` — 结果分组（arm/group 标识）
- `results_baseline` — baseline 人口学

完整 schema：https://aact.ctti-clinicaltrials.org/schema

From EthanYoQ/Skill-hub, MIT.

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